深圳市地铁集团有限公司运营分公司（以下简称运营分公司）是深圳市地铁集团有限公司的下属分公司，成立于2003年1月。下设办公室、党群工作部、人力资源部、财务部（派驻）、计划经营部、安全监察部、技术部、物资部、新线办、车务部、调度中心、票务部、车辆部、维修工程部、自动监控部等15个部门，目前共有员工4135人。
       运营分公司代表地铁集团全面负责地铁的运营管理、客运服务、列车运行组织及土建设施、车辆和运营系统设备的维修保养等工作，是直接服务于社会大众，为乘客提供安全、正点、热情、周到的运营服务，展现深圳地铁形象和服务水平，也是深圳地铁和乘客直接交流的一个重要窗口。
      2004年12月28日，实现了地铁一期工程“如期、安全、顺利、高水平、高质量开通”标，运营分公司开通第一列运营车辆；2009年9月28日，开通二期工程首通段白石洲、高新园和深大3站，以崭新的风貌迎接乘客，服务大众。
        2005年4月28日、6月28、9月28日、12月28日及2006年4月28日 运营分公司以最快速实现深圳地铁的五次“提速”，2007年2月12日及6月20日实现第六、第七次“提速”，1号线运营间隔由开通初期的15分钟压缩为高峰期4分30秒，并延长高峰时段，地铁运输能力较开通初期大幅提高，2010年5月1日两线总客流再创历史新高，达到66.6万人次。
        2010年5月1日，深圳地铁已实现安全、优质、高效运营1950天，并连续五年实现安全运营，向市委、市政府和广大市民交了一份满意的答卷，运营人将一如既往的继续为广大乘客提供“安全、正点、热情、周到”的真挚服务。